Ketua koloni, 1857–1864

Pada Julai 1857, Macdonald telah meminta Britain untuk menjadikan Kanada sebuah projek yang berkualiti.[14] Semasa beliau pulang ke Kanada, beliau melihat Parti Konservatif sebuah parti yang terkenal.[15] Macdonald juga melihat parti Konservatif merebak ke Barat Kanada, kecuali Perancis-Kanada yang dibawah pemerintahan Macdonald.[16] Pada 28 Disember, Isabella Macdonald meninggal dunia iaitu seorang isteri Macdonald, Isabella meninggalkan John Macdonald dan seorang anak yang baru berusia tujuh tahun. Hugh John Macdonald dan saudara yang lain juga Isabella telah meninggalkan.[17]

Pada 1856, kumpulan gerakan menuju ke Quebec City. Macdonald juga mengikutinya gerakan pada tahun 1857. Beliau telah menghantar sepucuk surat kepada Ratu Victoria untuk menjadikan bandar ini sebagai ibu negara Kanada. Penentang dari Timur Kanada, telah menafikan Quebec City sebagai ibu negeri Kanada; lalu Victoria telah menyerahkan keputusannya kepada pembesar-pembesar Kanada yang lain. Meskipun, Macdonald telah meleraikan penafian dari Timur Kanada yang ingin menjadi Quebec City ini sebagai ibu negara. Macdonald bertanya kepada Pejabat Kolonial yang Victoria tidak mahu menyentuh hal ini selama 10 bulan.[18] Pada Februari 1858, Ratu telah membahagikan bahagian-bahagian Kanada dari Barat Kanada hingga ke Ottawa.[19]

Semasa Perang Saudara Amerika, Kanada dan Britain telah mempertahankan Kanada kerana takut Kanada sekali lagi sebagai medan peperangan selepas Perang Perancis dan Indian dan Perang 1812. British telah bertanya kepada Kanada untuk memerlukan pertahanan. dan Miltia Bill telah menimbulkan rasa tenang pada tahun 1862. Timur Kanada yang diduduki oleh Perancis-Kanada telah melawan British pada beberapa dekad yang lalu. Masa ini, Macdonald telah gagal untuk menyatukan. John A. Macdonald tidak berfikir panjang lalu mahu kemerdekaan. Pada sebuah rundingan pada Mei 1863, rundingan ini telah gagal lalu menyebabkan Konservatif marah. Pada sebuah pilihan raya, Macdonald dan Albert Norton Richards telah bertanding dan menyebabkan Richard telah ditewaskan oleh Konservatif. John A. Macdonald telah pulang ke pejabat untuk menjalankan kerja-kerjanya dan kemudian beliau berkata "Ini telah jelas dan Bahagian-bahagian Kanada kekurangan pembunuhan".[20]